因为原问题在我写了一半的时候被删了，所以托朋友重新提了一遍，现在的题主不是原先那位。
说在前面，马来西亚的正式简称是“大马”，下面亦会用此简称；“马来”是其中的一个人口占比较高的民族，但不代表国家。
原题主可能把存在感比较低的老挝、文莱、东帝汶漏了，说实话老挝和东帝汶漏掉问题也不是很大（新加坡也可以忽视，和本问题没有多大关系），但文莱不能漏；下面会把印尼、大马、菲律宾、文莱和东帝汶统称为“海岛东南亚”，尽管菲律宾（+东帝汶）要和其它三个分开看待。而在中南半岛上，因为原题主问的是“不用拉丁字母”的情况，那在主体语言里需要排除越南语，下面我提到“中南半岛”时就默认不包括越南语。
本题其实问了两件事：
- 为什么目前中南半岛上（除越南语外）“主体”语言用的都是“本国”文字，而在海岛东南亚却是了变成了拉丁字母？
- 海岛东南亚在被殖民之前用的是什么文字？
第1个问题里隐含了海岛东南亚的文字改革，以及中南半岛为什么（除越南外）都没改革，这个部分其实很大程度上与这几个国家的现代政治意识形态相关，非常复杂且绝不能一概而论，我相信其他擅长东南亚国别史的答主会比我说得更好，所以下面将主要围绕第2个问题来解释，关于第1个问题的前面两处粗体则补充在最后。
一.婆罗米系字母与印度教-佛教
这张图应该有点知名度，展示了全球各地有特色的当地文字，可以看到海岛东南亚这里并非一片空白。
凑近了来看，在今天印尼的爪哇岛上有过爪哇字和巽他字，在苏门答腊岛上有巴塔克字，巴厘岛上有巴厘字，苏拉威西岛上有龙塔拉字。而在今天菲律宾的吕宋岛上有拜巴因字，民都洛岛上有哈努努奥字。这些文字都在殖民时代之前就出现，都属于婆罗米系字母。而在中南半岛上的缅字、泰字、老挝字、高棉字等，也是婆罗米系字母。——所以问题在于，为何中南半岛上保留了婆罗米系，而在海岛东南亚被替换了？
具体的字母表在 Omniglot 上一搜就有：
下面只放个爪哇字的字母表：
回到正文，在当今世界，婆罗米系字母的分布是下图中黄色（北系）和橙色（南系）两块所在的区域：
而要是拿上图与下面全球各地印度教（左）和佛教（右）的信仰比例来对比，颜色越深则信仰比例越高，那么事情就很清晰了——婆罗米系字母的使用和印度教-佛教的传播范围高度绑定，目前的缅甸、老挝、泰国、柬埔寨四国都是佛教国家，本来婆罗米系的源头婆罗米字就发源于今天的印度北部，而佛教和印度教同样也是从印度起源的。
那么，海岛东南亚的婆罗米系受到冲击的首要原因是，这里伊斯兰化了，然后阿拉伯字母来了。
二.伊斯兰化的印尼-大马-文莱
这么抛出来可能有点突兀，因为似乎明明问的是拉丁字母的事情，怎么跑到阿拉伯字母这里来了。——这就是忘了文莱而只看印尼-大马的后果，婆罗米系的衰弱不仅仅是拉丁字母导致的。
在这三个国家里，只有文莱还在官方层面比较好地保留了爪夷字（Jawi，阿拉伯系字母下的一种子形式，调整了字母表用于书写马来语）的地位，要求和拉丁字并用；而在（大马的标准）马来语和印尼语（即稍经改动的标准马来语）里则基本放弃了爪夷字（尽管近年来确实有要求恢复的呼声），只采用拉丁字。
（当然，毕竟标题第2点问的就是“殖民时代之前的文字情况”，那没跑题）
爪夷字具备典型的阿拉伯系特征，蓝框里的是阿拉伯语里存在但马来语里不区分的音，比照音标可以发现会和其它某个/些字母的读音相同，仅用于在借词里照搬阿拉伯语的正字法，和波斯语、乌尔都语等的情况类似；红框里的是阿拉伯语里没有的发音，用于马来语本土词的书写。
文莱达鲁萨兰国，一个曾经强大过的伊斯兰国家，只是现在领土大幅度缩水成了两小块，并不应该和东帝汶这种殖民时代遗留下的真·小国相提并论。以10文莱林吉特如下，反面的两行爪夷文分别对应正面的 NEGARA BRUNEI DARUSSALAM“文莱达鲁萨兰国”和 SEPULUH RINGGIT“10林吉特”。（马来西亚林吉特上其实也有爪夷文，但大马的爪夷文只在部分州有官方文字地位）
然后回到印尼，顺便谈谈历史沿革，再次搬出这个回答。其实在14世纪时，随着印度化的政权满者伯夷从爪哇岛兴起，并推行爪哇语和爪哇字（不是阿拉伯系的爪夷，是婆罗米系的爪哇，在下文中请留意），如果满者伯夷能再往后延续个几百年，并把上层的印度教逐渐融入下层的精灵信仰等，印尼现在呈现出的局面或许就是拉丁字和爪哇字并用。而印尼的存在感比文莱要强许多，一般国人或许还能大概了解到印尼有种书写华丽且飘逸的特殊文字，那就不会有本问题了。
